Cependant, et contrairement aux effets secondaires indésirables induits par les médicaments, qui ont tendance à être reproductibles chez les individus partageant des caractéristiques métaboliques (et/ou un patrimoine génétique) similaires, les effets indésirables induits par le système immunitaire devraient être extrêmement diversifiés, voire uniques (« privés ») à chaque individu en raison des multiples processus stochastiques qui régissent la réponse immunitaire décrite ci-dessus. Cela soulève la possibilité inquiétante que la forte immunisation déclenchée par les vaccinations ne soit pas aussi inoffensive qu’elle a été présentée pendant des années, au point de devenir l’un des paradigmes médicaux les plus incontestables.

Notre hypothèse : toutes les vaccinations pourraient être à l’origine d’une multitude d’effets indésirables spécifiques aux patients et non reconnus.

L’excellente réputation des vaccins découle de leur efficacité contre les différentes maladies infectieuses ciblées et de la rareté des effets indésirables récurrents (c’est-à-dire présentant des manifestations identiques chez différentes personnes). Cependant, nous émettons l’hypothèse que la rareté de ces effets indésirables « publics » (prévisibles compte tenu de la nature stochastique de la réponse immunitaire) pourrait masquer une fréquence (cumulative) beaucoup plus élevée d’accidents « privés » liés aux vaccins, qui restent statistiquement indétectables en raison de leur caractère non reproductible au sein de la population vaccinée.

En l’absence d’un signal statistique significatif, ces affections privées, même lorsqu’elles sont dûment signalées aux systèmes de notification des effets indésirables des vaccins (VAERS), finissent par être interprétées comme de simples coïncidences sans autre lien avec le processus de vaccination que leur lien de temporalité.
La plupart de ces rapports finiront par être publiés sur les réseaux sociaux [11,12] par les patients eux-mêmes, sans aucun moyen d’en évaluer la véracité. D’autres seront publiés sous forme de rapports de cas isolés dans des revues scientifiques de faible qualité (par exemple, [13,14,15,16,17]), et dans le pire des cas, seront qualifiés de « fausses nouvelles » délibérément propagées par des théoriciens du complot « anti-vaccins ».

Compte tenu de l’extrême diversité des symptômes post-vaccinaux signalés, allant de simples démangeaisons et maux de tête à des réactions allergiques graves, des manifestations neurologiques, des troubles cardiovasculaires, voire le déclenchement de divers cancers ou maladies auto-immunes, il est difficile pour la profession médicale actuelle, compartimentée en différentes spécialités, d’assumer et de rechercher une étiologie commune, au risque de saper le pilier que représente désormais la vaccination dans la politique de santé publique.

De plus, malgré ses progrès considérables au cours des 40 dernières années, on pourrait affirmer que l’immunologie n’a jusqu’à présent pas beaucoup contribué au développement des vaccins, dans la mesure où la plupart des vaccins que nous utilisons aujourd’hui ont été développés et testés de manière empirique [26]. Le principe de la vaccination et son utilisation généralisée sont largement antérieurs à notre compréhension détaillée des processus régissant les différents types de réponses immunitaires et leur régulation complexe par de multiples interleukines (revue dans [51]). Une mise à jour de nos connaissances aurait pu inciter à réévaluer les risques associés à la vaccination, mais cela ne s’est pas encore produit. La vaccination est un phénomène complexe impliquant l’interaction de nombreux types de cellules dans des compartiments distincts, le tout dans un contexte systémique façonné par l’histoire des stimuli immunitaires d’un individu. Un système biologique aussi complexe devrait présenter deux propriétés :

1) il ne peut fonctionner sans générer de manière aléatoire certaines erreurs [52], et

2) son fonctionnement entraîne différents états physiologiques qui reflètent le spectre des variations physiologiques et génétiques individuelles au sein des populations [53]. Ce dernier point met en évidence le paradoxe de la vaccination des populations selon des protocoles uniformes plutôt que de faire de la vaccination un archétype de la médecine personnalisée. Heureusement, la « vaccinomics » est désormais apparue comme un nouveau domaine de recherche dédié à la compréhension de l’hétérogénéité de la réponse immunitaire aux vaccins [54].

Ce que nous savons aujourd’hui sur le fonctionnement du système immunitaire laisse présager que les effets indésirables récurrents (c’est-à-dire publics) devraient être rares. Ils pourraient, par exemple, concerner des individus partageant des mutations de divers composants du système immunitaire [55,56], partageant des allèles HLA nuisibles (par exemple, [57,58,59]), et/ou exprimant des TCR auto-réactifs publics rares [60,61,62]. Ces caractéristiques peuvent se recouper avec celles qui augmentent la gravité des maladies infectieuses courantes [23,63,64,65].

En revanche, les effets indésirables privés pourraient provenir de chaque combinaison unique de légères variations du génome/protéome, d’haplotypes HLA rares (et de l’immunopeptidome correspondant) et de la sélection/expression stochastique de TCR totalement privés, dont l’un pourrait accidentellement conduire à l’auto-immunité. De nombreuses études ont également montré que la réponse immunitaire est sujette à des erreurs, l’auto-immunité étant fréquemment observée à la suite d’une (hyper) immunisation répétitive causée par la multiplication des injections de rappel [49,66,67].
Après avoir négligé pendant des années la recherche sur les mécanismes à l’origine des effets indésirables des vaccins, une nouvelle génération d’immunologistes semble enfin s’y intéresser [23].
Malheureusement, seuls les effets indésirables statistiquement prouvés, c’est-à-dire les plus fréquents et récurrents, seront ciblés par ces études de vaccinomics.

D’autre part, l’étude d’événements indésirables uniques isolés dans des populations vaccinées pose un problème méthodologique fondamental, car des observations répétées similaires d’un phénomène donné sont à la base même de l’approche scientifique. Sans la possibilité d’analyser plusieurs occurrences indépendantes des mêmes événements indésirables, il semble impossible de distinguer une simple coïncidence d’un lien de causalité avec la vaccination. Bien que dérivée de propriétés bien établies du système immunitaire, notre hypothèse pourrait donc être considérée comme infalsifiable et donc non scientifique. Cependant, symétriquement, la sécurité de la vaccination devient alors tout aussi indécidable.

Cependant, même en l’absence de répétitions, l’analyse d’une série d’événements indésirables strictement individuels pourrait donner lieu à des indices concordants, sans pour autant fournir une preuve formelle. Par exemple, les patients chez lesquels on soupçonne des complications post-vaccinales pourraient être systématiquement testés pour détecter la présence d’anticorps antinucléaires, considérés comme un signe récurrent d’auto-immunité contre un large éventail d’auto-antigènes. Des méthodologies de dépistage à l’échelle du protéome pourraient alors être utilisées pour identifier de nouveaux auto-anticorps contre des auto-antigènes non reconnus [68]. Malheureusement, l’identification à grande échelle de l’autoantigène ciblé par les lymphocytes T CD4+ ou CD8+ autoréactifs reste difficile [69].
La confiance passée dans la sécurité des vaccins a fait qu’aucun changement significatif n’a été apporté à la structure des essais cliniques pour les nouveaux vaccins. Tout d’abord, un antigène vaccinal est conçu pour déclencher une forte production d’anticorps neutralisants, avec peu ou pas d’analyse de la réponse cellulaire concomitante. La vaccination est ensuite testée (phase III) sur une cohorte relativement importante (≈ 30 000 personnes) afin d’évaluer son efficacité globale dans la prévention de la maladie correspondante et d’estimer la fréquence des effets indésirables graves (récurrents).
Aucune mesure n’est effectuée concernant la variabilité des réponses immunitaires individuelles et leurs liens éventuels avec les caractéristiques génotypiques des patients (ou même leurs haplotypes HLA). De plus, la période consacrée à la surveillance des effets indésirables éventuels (par exemple, parfois inférieure à 6 mois [9,70]) n’est pas compatible avec la période d’incubation généralement longue des maladies auto-immunes, et n’est donc pas adaptée pour invalider notre hypothèse.

Il existe déjà de sérieuses critiques concernant l’insuffisance des essais cliniques sur les vaccins [70,71], dont certaines ont été réactivées par la précipitation des vaccins contre le SARS-CoV2 [8,73]. Cependant, ces critiques visent des faiblesses méthodologiques spécifiques sans remettre globalement en cause la réputation irréprochable d’efficacité et de sécurité acquise par la vaccination depuis le siècle dernier.

Néanmoins, l’histoire de la médecine regorge d’exemples d’approches thérapeutiques qui étaient autrefois universellement louées, mais qui sont aujourd’hui abandonnées, voire considérées comme dangereuses (par exemple, les médicaments en vente libre tels que la codéine et l’aspirine, l’appendicectomie prophylactique, les amygdalectomies prophylactiques, les médicaments à base d’arsenic pour traiter la syphilis, etc.).

Dans cet article, nous suggérons que les connaissances détaillées dont nous disposons aujourd’hui sur le système immunitaire devraient nous amener à réévaluer rigoureusement le rapport bénéfice/risque de la vaccination, actuellement considéré comme incontestable. En attendant cette réévaluation, promouvoir une utilisation plus personnalisée des vaccins en développant la vaccinomique [74] et limiter leur utilisation aux maladies les plus graves (mortelles) semble être l’attitude la plus rationnelle.

Pr Jean-Michel Claverie
Décembre 2025

Titre original de l’article: What If Most Vaccine Side Effects Go Unnoticed? A Worrying Hypothesis https://www.preprints.org/manuscript/202508.0632